新世纪福音战士（以下统称EVA）设定的世界，是在21世纪之交，灾难性的“第二次冲击”爆发在南极大陆上。立时，海面水位上升，地轴扭曲，天灾四起，经济瓦解……几日内，世界人口锐减了二分之一。剩下的人类世界则被可怕的使徒包围，准*事机构NERV靠着招募来的儿童驾驶EVA机甲以防止人类被全面毁灭。
但其实科幻的背景设定只是表面上呈现给观众的，这个系列实际想要表达的是对人与人之间关系的质疑。主角碇真嗣和与他关系疏远的父亲碇源堂之间的关系就是该系列的绝对核心。
刺猬困境：爱与痛的交织
EVA要表达的核心主题其实是刺猬困境（即人与人之间相处时，会像刺猬一样被彼此的刺所刺伤，因此彼此又要保持一段距离。虽然双方都想保持一个亲近的关系，但又无法做到不刺伤彼此。）。真嗣本人是一个内向的且自我厌恶的抑郁症患者，他极度害怕自己被别人拒绝，其原因就是他的母亲唯的去世以后遭到父亲碇源堂的抛弃。《EVA》中有一直有个意识流场景，在画面中一次又一次地出现火车站，年幼的真嗣在父亲离开时困惑地哭泣。多年后，碇源堂突然将真嗣唤来了身边，而原因却仅仅是需要他来驾驶EVA初号机。“父子”俩能最亲密的接触也仅是碇源堂简短听取对真嗣工作报告和，一起祭扫母亲唯的坟墓。
所谓的AT（绝对领域）力场就是人类乃至所有生物上的刺，人与人的隔阂同时也加强了人们的刺猬困境。最初，观众会以为AT力场似乎只有EVA和使徒会使用，因为它看起来就是像是一个战斗时的大盾。但在深入观看《EVA》后不难发现，其实是地球上的所有生命都有自己的AT力场。换个角度看，AT力场就是人们出于害怕，恐惧他人看待自己而在自己周围竖立的墙。人类是一个一个的人体，而每个人个性的本质让我们不可能去做到能真正了解他人。如果问《EVA》有哪一个角色的AT力场是最强的，那必然就是碇源堂。
碇源堂：模糊、难以琢磨和混沌
从初上映到现在二十多年过去，《EVA》系列已是一个深入人心的作品，但观众对碇源堂的了解似乎少之又少。在荧幕上，他通常是作为向神秘组织SEELE汇报的角色，要么就是与他的副手冬月幸三制定一些模糊的计划和难以理解的哲学思考。即便在TV第21集“NERV的诞生”的回映中，观众依然能看到碇源堂的影子，但是他却不像其他角色一样有着自己的意识和独白。他标志性的姿势强化了他的模糊性：眼睛隐藏在眼镜后面，双手合十，戴着手套，挡住了他的任何表情。眼睛是心灵（乃至灵*）的窗户，尤其对于那些知道眼神刻画在日系作品中起到作用的人，他们应该能深刻体会出——碇源堂在作品中属于是一个模糊的具象体，这个个体难以为人所琢磨，且混沌。
在这种有限且零碎的片段下，我们看着碇源堂却又不敢往下看。在TV版第18集“命运的抉择”中，碇源堂命令打开初号机的Dummy系统让初号机以暴走的状态去攻击（或者说，就是使用类似使徒的攻击方式），将三号机撕成了碎片，得知真相的真嗣声嘶力竭的怒吼，而碇源堂却在傻笑。这一幕不仅使真嗣的心灵深受打击，也给观者带来很大的冲击感。相反，碇源堂对0号机驾驶员绫波丽表现出了不寻常的热情。原因是什么？她不仅是妻子唯的克隆体，她还包含了Lilith的灵*（即第二使徒），是人类的起源，还是SEELE和碇源堂计划的关键。
SEELE的目标是“人类补完计划”，即消除所有AT力场以将所有人类融合为单一个体的存在，从而消除误解或孤独（即所谓消除刺）。正如《EVA》结局所表达的那样，碇源堂密谋制定了一个计划，以便他可以成为或加入到唯的灵*所在的初号机中。他所的这一切都是为了能够和他所爱的那个人团聚。而当绫波丽背叛自己并将计划的种子交给真嗣时，他的计划失败了。
就在“人类补完计划”到“第三次冲击”这段剧情下，《EVA》整体的演绎是无法仅凭言语表达出来的，它优美又血腥，它世俗却也带着零碎的哲理。所以就让我看把注意力集中在碇源堂的最后时刻吧。这部分是作品中最朴实无华但却又引人瞩目的部分。他在面对唯的幻象时，承认：“当真嗣靠近我时，我所做的都会给他带来痛苦。我觉得我什么都不用去做反而……，我不相信有人会爱我。我从来不配被爱。”
碇源堂最后的遗言也解释了为什么他在《EVA》中是一个模糊的存在：“因为真嗣永远无法接近他的父亲”，“我们”也不能。也正如绫波丽的灵*告诉碇源堂的：“你害怕了，所以你关闭了你的心”。然而，“理解”并不能被得到宽恕。碇源堂被初号机吞噬，他留下的遗言既是希望得到真嗣的宽恕而未获回应的恳求。
重建这个世界
随着《EVA：序》作为新剧场版第一部的发布，《EVA》结束了的论调年得到了终结。因为《EVA：序》这是重新架构的四部曲中的第一章，它试图从最原始零碎的片段中组装出一个全新的《EVA》系列。《EVA：序》是该系列TV版前六集浓缩后的内容，在这部中真嗣和碇源堂的角色和关系与TV版完全相同。但这次的重建，让往后的叙事偏离了原版的路线。
《EVA：破》是新剧场版第二部，它解释了真嗣随身携带用来“关闭世界”的音乐播放器曾经是父亲碇源堂的，还因为不听从父亲的命令又遭到的抛弃。相比TV版还引入了一个新的子情节，绫波丽试图将真嗣和父亲聚在一起参加晚宴，而碇源堂是在看到绫波丽中的唯才同意参加的。但当而后的EVA3号机事故和结局像TV版系列一样上演时，他们的父子关系就更扑朔迷离了。可以看到碇源堂有在试图与他的儿子建立联系，但却是建立在一个简单的服从关系之上的。真嗣强迫亲眼目睹他的一个朋友差点被杀后，碇源堂就将子真嗣推到了一个比以往任何时候都更远的地方了。
新剧场版的前两部是补齐了碇源堂和真嗣之间在TV版缺失的关系。在接下来的《EVA：Q》和《EVA：终》中，碇源堂三次制定了他的补完计划，并计划了与唯再次重逢。驾驶初号机的真嗣与父亲决斗。但最终，结束战斗的不是暴力，而是沟通（理解）。碇源堂向真嗣解释了为什么他觉得补完计划会是一个更好的选择，而真嗣也终于向他的父亲伸出了手。《EVA》系列解释了人际关系的双面性，如果你从一开始未曾去理解一个人，你就不能抱怨自己为什么不了解他们。
在归还了SDAT后，真嗣克服了对被拒绝的恐惧。听他父亲讲述他的生活，从碇源堂孤独的童年到唯是如何成为他爱的第一个人，再到失去她如何让碇源堂陷入绝望。到《EVA》的结尾时，作为对碇源堂死亡的回应，他自言自语在痛苦中，害怕地将真嗣推开了。
最后，我们又一次看到年幼的真嗣在火车站哭泣。然而这一次，是碇源堂回忆起的，他想象着他应该做的事情：转身拥抱他的儿子。